北京市南水北調(diào)配套工程總體規(guī)劃立足科學(xué)發(fā)展觀，圍繞以南水北調(diào)來水的合理、高效利用，確保城市供水安全的目標，做好供需水預(yù)測與《南水北調(diào)工程總體規(guī)劃》、《北京城市總體規(guī)劃（2004年-2020年）》、《北京市水資源綜合規(guī)劃》、北京市“十一五”專項規(guī)劃，配套工程規(guī)劃方案與國家批復(fù)的中線干線北京段工程方案，外調(diào)水供水系統(tǒng)與本地水供水系統(tǒng)等三個銜接，力求實現(xiàn)水資源的最優(yōu)調(diào)度。

工程主要包括：建設(shè)83公里的輸水干線、總調(diào)蓄庫容約為4000萬方的調(diào)蓄工程、供水總規(guī)模約400萬噸/天的新建、擴建和改造水廠工程，以及通信、調(diào)度、監(jiān)控和水質(zhì)監(jiān)測預(yù)警系統(tǒng)、管理設(shè)施等項目。
市內(nèi)配套工程建成后，北京將形成以兩大動脈、六大水廠、兩個樞紐、一條環(huán)路和三大應(yīng)急水源地構(gòu)成的“26213”供水格局。實現(xiàn)本地水、外調(diào)水、地下水的聯(lián)合調(diào)度。
北京市南水北調(diào)配套工程總體規(guī)劃經(jīng)市政府批準發(fā)布配套工程與主體工程同步建成，確保外調(diào)水充分使用。根據(jù)干線工程計劃，配套工程規(guī)劃按以下三個階段實施：
第一階段，2008年完成團城湖至第九水廠工程（一期），第三水廠、田村山水廠改造。具備接納河北調(diào)水3億立方米的能力。
第二階段，2013年年底完成大寧調(diào)蓄水庫、團城湖調(diào)節(jié)池、南干渠、東干渠以及郭公莊等十座水廠的工程建設(shè)。2014年汛后實現(xiàn)年接納長江水10億立方米的能力。建成本地水與外調(diào)水聯(lián)合調(diào)度的北京供水系統(tǒng)格局，形成水質(zhì)保護體系和水質(zhì)水量安全監(jiān)測體系，提高北京城市發(fā)展的水資源支撐能力。
第三階段，2020年建成十座水廠及聯(lián)絡(luò)工程、亦莊調(diào)節(jié)池、56公里配水管網(wǎng)，全面實現(xiàn)配套工程規(guī)劃。具備年接納長江水14億立方米的能力，構(gòu)建全市安全供水格局。